当初想定した候補の２Ｄ化学構造式エディタを雑ながら一通りレビューしてとりあえずまとめることができました。
開発者ではない個人として良い２Ｄ化学構造式エディタにわがままに求めている項目としては以下のようなものがあります。
・開発元：コミュニティあるいは財団
個人で開発されている方が意外と多くいらっしゃり、そのソフトを使わせていただけることに非常に感謝しています。一方で開発を中止されている方も多いので、将来的な保守については少し不安を感じます。現状コミュニティベースで開発されているのはJChemPaint(The CDK Project)くらいでしょうか？
・ライセンス：BSDまたはMITライセンス、あるいはGPL
オープンソースライセンスであれば、最悪開発元がなんらかの形で消失した場合でも開発が継続できる可能性があります。企業による開発でも3DソフトPymolのようにライセンス自体はオープンソースで、バイナリの提供やサポートは有償といった例はあるんですが、現状そのように開発されている２Ｄ化学構造式エディタはないようです。
・開発言語：クロスプラットフォームでネイティブに動作させることができる言語。あるいはJava・python
現状Javaで開発されWeb上で使用可能なソフトが多く開発されていて、それはそれでかなり使いやすいのですが、やはりJava特有の重さを感じることがあります(最近のPCパワーを考えるとそれほど問題ではないとも感じますが)。
また意外と商用ソフトでもWindowsのみの対応であったり、Linuxで利用できなかったりするものが多くありました。使用環境が制限されることは少し残念に思います。blenderやgimpといった有名ソフトのように、クロスプラットフォームかつネイティブに動作するソフトがあればかなり強力なのではないかと思います。
・Microsoft OfficeやScifinde・Reaxysとの親和性
私はソフト開発者ではないので詳しいことはわかりかねますが、SDKの導入と言った環境の構築にかなりの費用を要するため、MS Office等との親和性の高いソフトは企業のみしか開発できないのではないかと推測します。企業や大学では頻繁に利用する機能なのでこの部分にだけでも使用者はお金を払う価値はあると思います。
現状上記をすべて満たすソフトはありませんが、もしそういうソフトがあれば万人にオススメできるソフトだと思います。散々好き勝手に描きましたが、今後の予定としては
・これまでの記事内容の充実化(画像・公式サイトへのリンク等；さすがに現状の記事は雑多過ぎ)
・新しいソフト候補をあげる(随時追加しています)
・３Ｄソフトについてのレビュー
・いろんな分野と化学構造や化合物への関わりについて
等を更新しようと思います。
