ソフトウェア名：Avogadro
ライセンス：GPL
対応OS:Windows, Mac, Linux
最新版：2 0.7.2 (2013-12-23リリース)
開発元：avogadro.cc
日本語：可
無料or有料：無料
ファイルフォーマット：
・インプット：mol, pdb, xyz等の様々な形式
・アウトプット：種々の化学形式ファイル、ラスター画像(png, jpg, bmp)、ベクトル画像(svg, eps ,pdf)、pov-ray
化合物botの方を主に更新していたのでこちらのブログを長期放置していました。
化合物botの化合物登録数も100に達し、内容もある程度安定してきたのでこちらのブログもボチボチ恥ずかしくないレベルまで更新しようと思います。
このAvogadroというソフトはフリーの3D化学構造エディタ(分子モデリングソフト)として代表的なものであると言え、私も分子モデリングで使用しています。
簡単にその機能を挙げると
・多くのファイルフォーマットに対応(GaussianやGAMESSを含む)
→読み込みファイルとしてはほとんどのオープンな化学形式のフォーマットに対応している。
・多少癖はあるがほぼすべての機能を含む３D分子モデリング
→慣れればどんな分子もモデリング可能です。
・双極子モーメントや静電ポテンシャルを表示可能(もちろん計算されたファイルのみ)
・種々の計算科学ソフトのラッパーとして機能可能
→Gaussian, MOPACと言った有名なものからわりとマイナーなソフトにも対応しています。
現状の対応ソフトを書き下すと
Abinit, Dalton, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, MOLPRO, MOPAC, NWChem, PSI4, Q-Chem, LAMMPS
に対応しているようです。
・結晶構造解析やタンパク質等の表示が可能
・プラグインにより拡張可能
・日本語表示可能
・コミュニティベースで開発
→個人ではないのでプロジェクトが突然中断されるリスクが小さくなる
・ライセンスがGPL
→プロジェクトが中断されてもフォークされる可能性が有る
弱点としてはやはり商業ソフトの形式を読み込めないという点(例えばChemDrawのcdx, ChemSketchのsk2, MarvinSketchのmrv)とレイトレーシング機能はついていないので３D描写ががあまり良くないというところでしょうか。
しかしこの弱点をものともしないパワフルな機能を持っているソフトです。
まとめ： フリーの３D分子モデリングソフトとして大変重宝する。
