いろいろな構造式エディタを使ってみるとメニュー等が日本語である構造式エディタが非常に少ないということがわかりました。
事実上の標準であるChemDrawはもちろん日本語が使用可能なのですが、他のソフトではBKchem(フリーソフト)と過去のISIS/Draw(いまのAccelrys Draw)くらいしか日本語表示ができません。
他の商用ソフトも日本語表記があるものは見つかりませんでしたが、公式ホームページでは日本語のサポートやマニュアルがある場合が多かったです。
大学程度の化学を学んだ人であれば英語のみでも十分構造式エディタを使いこなすことができるとは思いますが、小中学校での自由研究・高校あるいは大学初等の授業やレポート、仕事でちょっとしたことに使う場合といったあまり化学を習ったことがない人が使用する際には英語オンリーのソフトに戸惑いを覚えるかもしれません。
オープンソースのソフトであれば、自分で日本語化するかソフト開発になれている方が日本語化する可能性がありますが、商用ソフトでは基本的に企業が対応してくれるのを待つしかないでしょう。
とは言え、企業側としては主にある程度の化学がわかる方を販売対象にしているでしょうから、日本語表示じゃなくても問題ない人がほとんどなんでしょうね。
最近のオープンソースソフトはメニュー等をメッセージカタログとして管理しているソフトが多いので、そういったソフトであればわりと簡単に自前での日本語化が可能です。たとえばBKchemなんかはメッセージカタログで管理しているみたいですね。
まとめ：日本語表示があるソフトはほとんどないので、日本語で解説してあるホームページを参考にするか、数少ない日本語表示されているソフトを使おう。
